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Systembiologie - Kernpunkte:

  • Nutzung mathematischer, physikalischer, systemtheoretischer Methoden und von Simulation für das Verständnis biologischer Systeme.

  • Anwendungen der Informatik in der Biologie (Bioinformatik, Aufbau von Datenbanken etc.).

  • Idee des "künstlichen Lebens" und Beurteilung dieses Projektes.

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Eigene publizierte Artikel zum Thema:

Stand des Nachdenkens

FOLGT

 

Chemie Plus 03/15

Wie man so genannte genetische Schaltkreise baut, die man dann in Zellen bringen will, um diese umzuprogrammieren.

NZZ 02.07.14

Einige Gedanken dazu, was synthetische Biologie sein kann und was nicht.

NZZ 08.05.14

Wissenschaftler haben ein Makterium mit "künstlichen Buchstaben" in der DNA hergestellt. Aber auch diese "synthetische Biologie" baut noch weitgehend auf die natürlichen Prozesse auf.

Nature 19.05.11

Wie man einen synthetischen Genom kommerzialisieren kann.

NZZ 12.01.11

Wie man mit Methoden der Systembiologie zu sich selbst reparierenden Werkstoffen kommen will.

Nature 16.12.10

Ein altes Argument: man soll Leben nachbauen, um es zu verstehen.

NZZ 08.12.10

Zu den Konzepten der synthetischen Biologie, um mit "umgebauten" Zellen Werkstoffe und dergleichen herstellen zu können.

Nature 18.11.10

Wie man mittels Methoden der synthetischen Biologie Pflanzenzellen zu Produktionsstätten chemischer Substanzen umbauen kann.

Nature 04.11.10

Porträt des Craig Venter Institute, wo man an "synthetischen Zellen" arbeitet.

Nature 23.09.10

Wie China die Forschung im Bereich Proteomik forciert.

Nature 09.09.10

Kommentar zu einem interessanten Paper, das aufzeigt, wie stark man Noise in einem molekularen System mittels Feedback-Kontrolle kontrollieren kann.

Nature 17.06.10

Warum es öffentliche Unterstützung der synthetischen Biologie in Europa brauche.

Nature 27.05.10

Eine Beurteilung der "künstlichen Zelle" von Venter.

NZZ 22.05.10

Venters "künstliche Zelle" ist eine natürliche Zelle mit einem künstlich hergestellten Genom (deren Bausteine ebenfalls natürlich sind).

NZZ 11.05.10

Nun hat die EKAH offenbar auch die synthetische Biologie einer ethischen Beurteilung unterworfen.

Nature 28.01.10

Einige Review-Artikel zur Frage, wie man eine Zelle bauen kann.

Nature 21.01.10

Fünf Hauptschwierigkeiten der synthetischen Biologie. Und ein Artikel mit einer konkreten Anwendung der synthetischen Biologie: eine molekulare Uhr in verschiedenen Bakterien, die sich synchronisieren lassen.

Nature 26.11.09

Zur Anwendung neuer Modellier-Techniken in der biologischen Forschung.

Nature 16.07.09

Liste mit Firmen, die in der Systembiologie aktiv sind.

BaZ 03.07.09

Beispiel einer mathematischen Modellierung, wie sich ganze Gen-Komplexe an- und ausschalten.

BaZ 29.05.09

Beispiel systembiologischer Forschung: Simulation einer Infektion, um damit neue Angriffspunkte für Medikamente zu finden.

Nature 23.04.09

Zwei interessante Artikel: zum einen die Paradoxien in komplexen Gennetzwerken, die eine Lygner-Paradoxie-Struktur haben. Zum anderen das FANTOM-Projekt der EU, das die Genregulation in der Tzelldifferenzierung ansieht.

Nature 16.04.09

Ein Paradeunternehmen der (kommerzialisierten) Systembiologie (Codon Devices) ist Konkurs gegangen.

Nature 15.01.09

Zur Rolle von Oszillationen in der Genregulation und wie man das für die synthetische Biologie nutzen kann.

ETH Globe 4/08

Ein ganzes Dossier zur Systembiologie mit eine Reihe interessanter Namen.

Nature 23.10.08

Metabonomics: die Idee, aufgrund einer umfassenden Erfassung metabolitischer Produkte Art einer krankhaften Störung zu finden. dazu misst man die metabolische Antwort eines Organismus auf eine externe Störung (auch genetische Manipulation).

Nature 09.10.08

Wie Systembiologie die Entwicklung neuer Medikamente beschleunigen kann.

NZZ 01.10.08

Zum Stand der Dinge betr. der SwissProt-Datenbank.

Nature 28.08.08

Der Ingenieurs-Blick auf Zellen: wie man hier reverse engineering umsetzen kann.

Nature 17.07.08

Übersicht über die positiven Rückkopplungen in den Regulationsnetzwerken, die während der Zellteilung aktiv sind.

Nature 17.04.08

Wie man das Interaktionsnetzwerk im Genom auch untersuchen kann: neue Verbindungen zwischen bisher nicht verbundenen Genen einfügen (im Detail anschauen!).

Nature 07.02.08

Warum es Systembiologie brauche, um mit der Überalterung der Bevölkerung und den sich im Anschluss daran stellenden medizinischen Probleme umgehen zu können.

BaZ 25.01.08

Craigh Venter hat das Erbgut eines Mikroorganismus künstlich nachgebaut und zusammengesetzt (doch das ist noch kein Organismus)

Nature 17.01.08

Zum Einsatz von Supercomputern für die Simulation der Proteinfaltung.

NZZ 06.12.07

Bericht über den Start der forschungsinitiative SystemsX.ch.

Nature 18.10.07

Wie man aus einer Aminosäure-Sequenz vorhersagen konnte, welche Form das Protein haben wird.

NZZ 04.07.07

Übersicht über den Stand der Dinge in der Systembiologie.

Der Bund 29.06.07

Bericht über die ETH-Konferenz zur synthetischen Biologie. Vergleiche auch mit der SonntagsZeitung vom 24.06.07.

Nature 28.06.07

Ein Editorial comment zur synthetischen Biologie - ein Gegenkonzept zu einem verkappten Vitalismus.

BaZ 31.05.07

Wie die Uni Basel die Systembiologie fördern will.

Financial Times 03.04.07

Einen neue Software erlaubt die Asuwertung (alter) Microarray-Daten.

Pressetext 16.03.07

Die neuen Spielkonsolen der Playstation 3 können offenbar auch für die Berechnung von Proteinfaltungen eingesetzt werden.

Dossier Gesundheit 03.07

Überblick über die Aktivitäten der Systembiologie in der Schweiz.

NZZ 23.02.07

Überblick über die biologische in silico-Forschung, die hier unter dem Stichwort Bioinformatik abgehandelt wird.

Nature 22.02.07

Zur Schwierigkeit der Simulationsforschung, die Kluft zwischen molekularer Interaktion und physiologischer Reaktion zu überwinden.

Pressetext 30.01.07

Wissenschaftler der UCSD entwickelten ein Computermodell der menschlichen Stoffwechselvorgänge - quasi ein Körpermodell, das für die medizinische Forschung verwendet werden soll.

Tages Anzeiger 30.01.07

Forscher von Berkeley entwickeln standartisierte "Bausteine" für die synthetische Biologie.

Financial Times Deutschland 25.01.07

Bericht über ein Zürcher Systembiologie-Projekt: Mikroorganismen werden als Maschinen angesehen, die sich aus definierten Komponenten bilden lassen.

Horizonte 09.06

Die Geschichte der Schweizer Protein-Datenbank SwissProt.

NZZ 23.08.06

Eine Übersicht über den Stand der Forschung in der synthetischen Biologie.

Nature 25.05.06

Die synthetische Biologie stellt sich ethischen Fragen (bzw. will Ängste abbauen).

Pressetext 18.05.06

Fortschritte in der Simulation von Leberzellen (bzw. einer Signalkaskade, die in Leberzellen stattfindet).

NZZ 03.05.06

Einsatz von Supercomputern in der Systembiologie: Hier am Beispiel der Simulation der Moleküldynamik in einem Virus.

Nature 23.03.06

Ein Essay zur Frage, inwieweit Computer zum Verständnis biologischer Vorgänge beitragen können.

Pressetext 04.01.06

Modellierung der Evolution bzw. der Entstehung natürlicher Signalnetzwerke.

Nature 29.12.05

Zu den wissenschaftlichen Problemen, die sich der Systembiologie stellen, und auch der Mangel an mathematischem Verständnis in der Biologie.

BaZ 02.12.05

Ein neues Gebiet formt sich: synthetische Biologie (oder eben „künstliches Leben“).

Nature 24.11.05

Ein Studentenwettbewerb zur Schaffung von Modulen von künstlichem Leben. Dazu ein Kommentar über synthetische Biologie.

Pressetext 06.07.05

Die Ankündigung Craig Venters zur Schaffung von künstlichem Leben.

Nature 23.06.05

Ein Problem im Unterhalt bestehender Bioinformatk-Datenbanken bahnt sich an.

Financial Times 13.05.05

Übersicht über den Stand der Dinge in der Systembiologie und den Einbezug von Physikern und Ingenieuren in diesem Bereich.

Pressetext 28.04.05

Ein Experiment, in dem man Bakterien in kleine Rechner verhandelt haben will, die auf Zustandsänderungen mit der Emission unterschiedlichem Lichts antworten.

Financial Times Deutschland 27.04.05

Zum Wettstreit, als erster eine künstliche Lebensform geschaffen zu haben.

Nature 21.04.05

Zum Einfluss der neuen Darstellungsmethoden in der Zellbiologie auf Methoden, sowie die Gefahr der dadurch möglichen Datenmanipulation.

Bioworld 03/05

Eine Anwendung der Systembiologie: Biologische Filme verstehen.

NZZ 05.01.05

Zum Stand der Forschung im Bereich „künstliche Lebensformen“ - aber nicht solche im Computer, sondern im Reagenzglas, unter anderem für das Verständnis der Proteinsynthese.

Nature 15.04.04

Übersicht über die verschiedenen Datenbanken, die es weltweit in der Bioinformatik gibt.

Bioworld 01/04

Wie man mit Systembiologie Parasiten-Netzwerke verstehen kann.

Die Welt 28.01.04

Zum Einsatz der Simulationstechnologie für die Erforschung neuer Wirkstoffe.

BaZ 28.11.03

Erstmals wurde ein Eiweissmolekül rein künstlich geschaffen.

Handelszeitung 22.10.03

Ein Porträt von Genedata.

NZZ 07.10.03

Zum Aufbau der Systembiologie in Basel. Vg. auch mit der BaZ vom 06.10.03.

Handelszeitung 07.10.03

Zum Stand der Forschung in der Systembiologie und ihre Zielsetzung.

NZZ 23.09.03

In der Bioinformatik wird durchaus auch Linux gebraucht.

Nature 21.08.03

Zum schwierigen Schritt von der Simulation einer Einzelzelle zur Simulation eines ganzen Gewebes. Und ein Essay zur Frage, wie man Systembiologie verstehen sollte.

BaZ 26.06.03

Wie sich Basel um den Aufbau eines ETH-Instituts für Systembiologie in Basel einsetzt. Vgl. dazu auch mit der BaZ vom 15.08.03.

Pressetext 09.05.03

IBM kündigt den Bau von Blue Gene an, der den Earth Simulator technisch überholen soll.

BaZ 25.04.03

Zum Stand der Dinge in der Bioinformatik mit besonderem Blick auf die Schweiz.

BaZ 09.03.03

Porträt des neuen Direktors des Basler ETH-Zentrums für Systembiologie: Renato Paro.

Uni Magazin 01/03

Wie Proteinfaltung am Computer simuliert wird.

NZZ 08.01.03

Zum Einsatz der Computersimulation in der Proteomik.

Pressetext 21.11.02

Craigh Venter kündigt die Schaffung einer „künstlichen“ Lebensform an.

FAZ 20.11.02

Zum Stand der Dinge der Simulationsforschung in der Biologie.

Nature 04.11.02

Diverse Review-Artikel über computational biology: Systembiologie, Genomik, Proteomik, Noise in zellulären Systemen, zelluläre Rhythmen, Netzwerke in Organismen.

Nature 26.09.02

Essay über die Frage was es heisst, eine Zelle als eine Form der Berechnung aufzufassen.

Nature 19.09.02

Zum Problem der disziplinären Verbindung zwischen Biologie und Physik.

Handelsblatt 26.08.02

Ernüchterung hinsichtlich der wirtschaftlichen Möglichkeiten der Bioinformatik: Computereinsatz allein löst das Problem nicht.

Pressetext 25.05.02

Zum Marktpotential der Bioinformatik mit besonderem Blick auf Österreich.

Nature 09.05.02

Zum Einsatz des Internets für die Organisation der verschiedenen Datenbanken im Bereich Bioinformatik.

Nature 18.04.02

Ein Essay zur Frage, was biologische computation sein kann.

BaZ 03.04.02

Das Basler Biozentrum wird Kooperationspartner des Schweizer Instituts für Bioinformatik.

Solothurner Zeitung 05.06.01

Zum Einsatz eines Supercomputers bei GeneProt.

Nature 10.05.01

Übersicht über die Einsatzmöglichkeiten mathematischer Modelle in der Biologie.

Bild der Wissenschaft 26.02.01

Prognose, dass man in fünf Jahren einen künstlichen Virus erschaffen könne (ist nicht eingetroffen).

FAZ 26.01.01

Celera Genomics setzt einen neuen Supercomputer in der Bioinformatik ein.

Pressetext 22.01.01

ETH-Forscher entwickelten ein Programm zur Simulierung der Proteinfaltung.

Nature 18.01.01

Ein Artikel über die so genannte Biomimetik (wohl eine Form der Bionik) auf molekularer Ebene.

Nature 18.01.01

Übersicht über die verschiedenen Methoden, zelluläre Prozesse zu simulieren. Und ein Bericht über die Forschung im Bereich artificial intelligence und artificial life, die für die Bioforschung genutzt werden soll. Sowie ein Artikel zur Idee einer simulierten Evolution.

Tages Anzeiger 04.12.00

Zu den Auswirkungen des Bioinformatik-Booms auf die Computerbranche.

Nature 09.11.00

Wie strukturelle Genomik und Modellierung der Medikamentenentwicklung helfen können.

Nature 19.10.00

Zwei Physiker überlegen sich, ob man eine umfassende mathematische Beschreibung eines komplexen biologischen Systems machen kann (sie denken: ja).

NZZ 23.08.00

Zu Stand der Dinge in der Bioinformatik.

Bioworld 04/00

Porträt von Genedata.

Nature 13.07.00

Zum Einsatz der Simulationstechnik in der Entwicklungsbiologie.

Nature 06.04.00

Auffordeurng, dass die neuen Biologen mehr von Computation verstehen müssen.

BaZ 10.03.00

Zur Entwicklung der Bioinformatik in der Schweiz - vorab im Kontext der Proteomik.

Biotech Forum 01/00

Beschreibung zweier Schweizer Firmen, die im Bereich Bioinformatik aktiv sind: Genebio und Genedata.

NZZ 23.02.00

IBM interessiert sich für Biologie und tritt dem SNP-Konsortium bei.

Nature 10.06.99

Zur Notwendigkeit, in der Biologie sich mehr für Computertechnik zu interessieren.

 

 

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